Hacker's Memory ocorre no mesmo mundo de Digimon Story: Cyber Sleuth, ou seja, uma versão futurística do Japão, onde uma forma avançada da internet, conhecida como Cyberspace Eden, permite que os usuários entrem fisicamente em um mundo virtual.

O enredo gira em torno de Keisuke Amazawa, cuja conta do Eden é roubada e ele é acusado de um crime que não cometeu. Keisuke torna-se um hacker e mergulha nas profundezas do Eden para encontrar o verdadeiro culpado. Ao longo do caminho, ele faz amizades com Digimons, formas de vida digital que habitam o mundo da informação.

Dois novos personagens foram revelados para o jogo: Jimmy Ken (membro de uma banda de rock indie) e K (figura misteriosa que oferece sua ajuda aos jogadores durante o game).

Os modos de batalha online de Digimon Story Cyber Sleuth: Hacker’s Memory darão ao jogador a oportunidade de entrar em combates contra outros treinadores quando estiverem online.